Att resa på två olika PNR-nummer (dvs olika bokningar) bör man undvika om det är möjligt, eftersom det leder till en hel del problem. Dels går det inte att skicka bagaget hela vägen (interlina som det heter på "flygspråk"), dels tar inte flygbolaget ansvar för din fortsatta resa om du blir försenad på någon av flygen.
Nu har du SAS-flygningar på bägge bokningarna, så det bör underlätta din situation. Incheckningen fixar de på din första flygplats, det ska vara lugnt. Bagaget är dock tveksamt, de måste manuellt fixa till det eftersom det normalt inte går att tagga hela vägen vilket kräver en både kunnig och hjälpsam checkinagent. Jag skulle nog föreslå att du ringer SAS igen och ber att få slå ihop dina två bokningar på samma PNR-nummer, det bör vara möjligt att göra.