Japp, färja är helt okej. Om man åker på rätt båtar, Silja Symfoni och Europa så är det riktigt trevligt (men de går inte till Talinn).
Vill du komma undan så billigt som möjligt eller vill du ha lite klass?

Mitt tips, köp ett hotellpaket hos Tallink.
Det kostar 722kr och då ingår båtresa tur&retur i B-hytt, en natt på hotell och frukost på hotellet.

Jag skulle rekommendera "Tallink Spa Hotel". Det ligger på 10min gångavstånd från hamnen och är vädligt fräscht. På hotellet finns det ett jättefint spa (gratis för dig som bor på hotellet) med flera olika pooler, bastu, barer mfl.
Gångavstånd till Gamla stan och city.
http://www.tallinksilja.com/sv/hotelTrips/tallinn/TallinnHotel/spa.htm

Sen finns det billigare hotell som "Lillekulla", där har jag inte bott men det ser okej ut på bilderna.
http://www.hotel-tallinn.com/lillekula.html