Om man ska stanna i mer än 3 veckor så kan jag definitivt rekommendera Sakura House.

http://www.sakura-house.com/en/

Jag stannade där på semester i en månad på ett sahre house (guest house) och det funkade hur bra som helst, så bra att jag senare kom tillbaka och bodde där i mer än 2 år. Jag träffade en massa bra folk, och fick kompissar som jag fortfarande håller kontakt med. Jag hade aldrig några problem och det är bra mycket smidigare än att skaffa lägenhet, och definitivt billigare än hotell. Det verkar som de bara inriktar sig på utlänningar i Japan, så jag antar att det är därför mycket smidigare än alternativen. Det finns också Sakura Hotel/Hostel om man planerar att stanna en kortare tid.

Lycka till!