För info om tåg både i Indien och på Sri Lanka kolla in http://seat61.com. Suverän site.
Tåg i Indien är absolut inte enkelt, det finns hur många tåg som helst och klasser.

Indien kan jag rekommendera att åka till Varanasi, färgerna och staden var helt otrolig. Bilder: http://asiatour.lajke.se/varanasi-i-bilder/

På Sri Lanka kan jag rekommendera Hikkaduwa och besök Galle och Mirissa där också. Du bör göra en valsafari. Att ge sig ut söderut från Mirissa med inget annat än hav mellan dig och sydpoolen och leta efter valar är otroligt magiskt!
Bilder Hikkaduwa: http://asiatour.lajke.se/hikkaduwa-strand/ & Valsafari: http://asiatour.lajke.se/whale-watching/

Nepal tar du dig ganska enkelt till om du tar tåget Varanasi - Gorakhpur. Därefter går det bussar till nepalesiska gränsen och sen tar man lokalbuss till exempelvis Kathmandu.

Ska du in i Kina /Tibet från Nepal blir det besvärligt för du måste vara en del i en gruppresa för att komma in i Kina den vägen och ingen får lämna gruppen. Rutten ska vara förutbestämd.
Kinesiska konsulatet i Kathmandu är öppet 3 dagar/ vecka och ett visum tar 5 arbetsdagar så börja där om du ändå bestämmer dig för att ta dig in i Tibet. (Och nej, ett visa du ansökt om i Sverige inklusive Tibet är inte giltigt om du kommer från Nepal). Det gäller enbart om du ankomer till Tibet från Kina.
Lycka till!