Israel-Jordanien är inga problem. Har själv korsat gränsen mellan dessa länder ett antal gånger. Gränserna är öppna både mot Jordanien och Egypten, så problemet gäller bara andra muslimska länder, exempelvis Libanon, Syrien, Saudiarabien (har för mig att man även kan få problem i Förenade Arabemiraten).
Det enda du bör tänka på om du korsar gränsen Israel-Jordanien är att alla gränsövergångar inte har öppet dygnet runt samt att det kostar pengar att resa ut ur Israel (olika vid olika gränser, exempelvis drygt 200 kr vid Eilat/Aqaba-övergången.