För flyg använder jag alltid http://matrix.itasoftware.com och ibland/ofta Kayak.com. Hittar jag bra pris bokar jag direkt hos flygbolaget i 95% av fallen, samlar poäng/miles också för att så småningom unna mig en bonusresa i business/first som jag inte vill lägga pengar på annars.

Booking.com ligger oftast bäst till när det gäller pris på boende. (Får även flygpoäng för bokningar där.)

För hyrbil har jag bra erfarenheter av economycarrentals.com

En gång bokade jag paketresa med http://www.expedia.com och på det viset blev det billigare än flyg+hotell separat den gången, skiljde faktiskt rätt mycket (nästan så att hotellet blev gratis bara för att man köpte flyg samtidigt).
Har för mig att det även kan vara fördel att boka paketresa när det gäller reseförsäkringen som man ofta får via bankkort/kreditkort...