Jag hade skippat Filippinerna, Hong Kong och Kina. Med tanke på vad du skriver att ni är ute efter och hur mycket tid ni har. Skulle lägga till ett par dagar i Singapore istället, så kan ni flyga därifrån till Bali eller Jogjakarta sen, bra förbindelser och intressant stad att besöka, väldigt udda.
Ytterligare ett alternativ är att ni faktiskt skippar även Indonesien och istället åker till östra Malaysia. Där finns också fina öar, jungler, sydostasiens högsta berg, bra mat osv. Då får ni 90 dagar gratis on arrival, istället för 30 dagar gratis i Indonesien. Två andra saker som nog kan räknas som plus är att folk överlag pratar bra engelska och att det är lite mer utvecklat, det är lätt att ta sig runt och lokaltraffik, vägar, stationsbyggnader etc är alltihop i bra skick. Just Bali är väl inte så krångligt, men ofta annars i Indonesien kan det vara problem med att ta sig runt, iallafall utanför de vanligaste turistområdena.

Utresebiljett kan behövas i många av länderna du nämner, men det är inte alltid de kollar. Jag har aldrig råkat ut för det, men det finns ju folk som gör det. Får visum on arrival på alla förrutom Kina.

Så mitt förslag:

Thailand, västra Malaysia, Singapore, östra Malaysia (Borneo), flyg till Saigon, åk norrut i landet, över till laos, söderut mot Vientiane, natt-tåget över till Bangkok. Tycker det känns mer rimligt. Ni kan ju göra allt i dessa länder som ni kan göra i de andra. Om man vill besöka fina öar till exempel så räcker det ju att besöka Malaysia, man behöver ju inte besöka Indonesien och Filippinerna med. Risken med att försöka besöka en massa länder är som sagt att man slösar bort tid, energi och pengar på transport och visum.