OK 3 veckor går snabbt där nere och med 2 barn på 9 -10 år skulle jag nog bara rekommendera att stanna på 2-3 ställen.
Då ni måste mellanlanda och byta kanske tom sova över i Mnl el ceb.
Det tar tid att röra sig där nere.

Cebu pacific brukar jag ta. Länk med deras rutter.
https://www.cebupacificair.com/Pages/route-map.aspx

Från Manila kommer du nästan överallt med flyg, mindre anknytningar från Cebu.

El Nido på Palawan kan rekommenderas. Undervattensgrottan m.m. Klättra upp i bergen osv.
http://ppur.com.ph/

Bohol kan vara OK då kan ni åka till Panglao som blivit ganska turistigt nu men har brett utbud.
Chocolate hills har man varit på några gånger men innan jordbävningen, vet ej hur det ser ut nu.
http://www.chocolatehills.net/

I Manila kan ni shoppa loss rejält till barnen och det finns lite roliga aktiviteter där med för dom.
Tex Mall of Asia
http://smmallofasia.com/moa/?p=1097

Ta med lite kläder som ni kan mer eller mindre slänga bort.