Vad du skulle ha gjort är att efter 30 och 60 dagar fått en ny stämpel i passet. Antingen genom att infinna dig på ett immigrationskontor i Maputo eller någon provinshuvudstad, alternativt göra en "visa run" till något grannland (vilket i sin tur kräver att du har ett multiple entry-visa).
Som det ser ut nu kommer du åka på att betala böter när du lämnar landet. Men så mycket som 100 US$ per dag är det inte. Såvida det inte höjts på sistone handlar det så vitt jag vet om 1000 MZN (metical) per dag, vilket i dagsläget är en dryg svensk hundring.
Hur som helst, om du känner behov av att reda ut din situation med någon på svenska ambassaden har jag skickat PM med namn på den person du bör kontakta. Jag bor själv i Maputo och bistår gärna med råd och dåd i den mån jag kan, i forumet eller via PM.