Är det normalt att en bokning kan ändras till "ej bekräftad" efter att man checkat in och skrivet ut boardingkorten?

Jag sitter i Prag nu, på vägen hit fick vi nya boardingkort pga. vi hade lagt till 2 incheckade baggage senare och därför hade ett fel i systemet inträffat. Personalen på Skavsta löste dock det hela men sa "behåll boardingkorten, ni har kanske blivet utcheckade". Nå, vi checkade in online för både utresa/hemresa innan vi åkte, allt stämmer förutom att bokningen ändrats till "ej bekräftad".

Är detta normalt eller bör jag förbereda mig inför att betala 40 x 2 euro per person i straffavgifter pga. Ryanair gjort fel?

Alternativet är att ta ett tåg till Polen och köpa biljetter med Wizzair hem.